• Genetik bilginin yorumlanmasında ve proteinleri ile ilişkilerinin incelenmesinde son yıllarda büyük gelişmeler kaydedildi.
• Moleküler biolojinin merkezi : DNA, RNA VE PROTEİN arasındaki ilişkiler ile "replikasyon", "transkripsiyon" ve "translasyon" süreçleri.
• Yalnızca araştırma alanında değil, akciğer hastalıklarının tanı ve tedavisinde (yeni aşılar, yeni tedavi yöntemleri ve gen tedavileri) de rolleri saptandı.
• GÖĞÜS CERRAHI'NIN HASTASINI DOĞRU DEĞERLENDİRMESİ'NDE KULLANILAN "MOLEKÜLER DİLİ" BİLMESİ DE ÖNEMLİ.
• Kanser, İnterstisyel Akciğer Hastalıkları, İnfeksiyonlar : Başlıca Konular.

Genel Prensipler

• DNA: Çift sarmallı "sağa el gibi dönen", "şeker-fosfat" iskeletine sahip anti-paralel nükleotid dizileri.
• Kromozom: Hidrojen bağları ile bağlı kompakt-düzenli üniteler.
• RNA: DNA'dan çok daha hassas.
• DNA …..> Transkripsiyon……> mRNA….> Posttranskripsiyonel modifikasyon (intronlar kesilir)……..> Ribozomlar……> Protein.
• Gen Transkripsiyonu: Transkripsiyon faktörleri ve promoter ile yönetilir.
• TÜM DNA'NIN ÇOĞUNLUĞU "" BÖLÜMDEN OLUŞUR.
• KİŞİLER ARASI DEĞİŞKENLİK: Genetik Polimorfizm
• RNA'YA ÇEVRİLMEYEN DNA'LARIN BİR KISMI: "MİKROSATELLİT" LERİ OLUŞTURUR.
• Mikrosatellitler "Bağlantı Analizi"nde kullanılır.
• Miksosatellit "instabilite" : DNA tamir enzimlerinin hatası ile oluşur. (Akciğer kanserinde de bulunur).

Hibridizasyon Teknikleri

• DNA ya da RNA ile yapılır.
• "Prob" gereklidir.
• "Nitroselüloz" kağıt ya da "naylon membran" da yapılır.
• "Southern" Blotting
• Test sistemleri ve kitler halinde de bulunur.
• "Restriksiyon Endonükleazları" önce kullanılır.
• " PCR" ile de önce çoğaltılabilir.
• RT- PCR ile RNA, önce DNA'ya dönüştürülür. "Northern blotting" e göre çok daha az örnek gerektirir, yapılması çok daha kolaydır.
  Çok daha az bulunan genleri gösterebilir, genin kopya sayısının belirlenmesini sağlayabilir.
  ÖRNEK: c-erb b2/HER2/neu amplifikasyonunu gösterebilir.
• Hepsi için "Nükleik asid" ekstraksiyonu gerekir.
• FISH: "Heterozigotluk kaybı'nı" göstermek için kullanılır.
  Örnek: M. Tuberculosis'de rifampicin direncini oluşturan 'rpoB' genini saptamada kullanılmış (Kenonen ve ark. 1998).

Moleküler Teşhis Yöntemlerinin Akciğer Hastalıklarında Uygulamaları

• Kişiler arasındaki DNA farklılıklarını göstermekte kullanılır.
• Kistik Fibrosis (Tekrarlayan akciğer infeksiyonu, pankreas yetmezliği, anormal mukus üretimi) 1/2000 oranında saptanır.
• 200'den fazla mutasyonu saptandı.
• Bir mutasyon kuzey avrupa ve amerika halklarının %85 KF olgusunda bulunur.

• Küçük Hücreli Akciğer Ca'da (KHAK)nöroendokrin özelliklerin (örn: bombesin sentezi için RNA) saptanmasında kullanılıyor.
• Legionella infeksiyonu'na hassas.
• KHAK'da myc sayısını saptar.

Hastalıklarda Rolleri: Kanser

• Onkogenler, anti-onkogen'lerin kaybı, sitogenetik anomaliler, kansere yatkınlığın incelenmesi. (pcr ve lınkage analysıs ile).
• Li ve ark (1988): p53 mutasyonunun olduğu li-fraumeni sendromunda akciğer ca gelişebilir.
• Tüm sigara içicilerinin sadece %10'unda akciğer kanseri gelişir. Neden?
  1. Coparaso ve ark (1989): debrısoquıne'I hızlı metabolize eden kişilerde risk 4 kat yüksek.
  2. To-fıgueras ve ark (1996): gst m1 düşük ya da yok ise: risk yüksek.
• Sporadik akciğer kanserlerindeki genetik değişiklikler:
  1. k-ras mutasyonu: tüm akciğer ca'ların %30-50'sinde bulunur. (adeno'da epidermoid'e göre çok daha fazla, bronkioloalveoler'de az, khak'de yok. ) gtpase aktivitesinde mutasyon mevcut.
  2. k-ras (+)ise Prognoz kötü.
• l-myc genotipleri riski belirleyebilir.
• C-myc khak'de kötü prognostik faktör.
• C-erb-b2/her-2/neu: tirozin kinaz aktiviesi. khdak'de %35 bulunur. Kötü prognostik faktör.
• Map kinaz'lar'dan mkp-1: programlanmış hücre ölümünü inhibe eder. Tümör evre ve grade'inin ilerlemesini sağlar.
• Heterozigotluk kaybı: daha çok tümör-baskılayıcı genlerin kaybolması ile oluşur.
• P53: genomun gardianı.
  1. Mutasyonu %50 KHDAK'de KHAK'nin %100'ünde bulunur.
  2. Sigara, p53'ün belirli bir segmentine yönelik mutasyon oluşturur (caamano ve ark. 1991)
  3. Daha kötü prognoz, daha ileri evre'yi işaret eder.
  4. Serumdaki seviyeleri de kaciğer ca'da prognozu belirleyebilir.
  5. Subklinik ve subpatolojik lenf nodu metastazlarını gösterebilir.
• 3p'de heterozigotluk kaybı görülür: kötü prognozu gösterir. Khak'te %90-100 saptanır.khdak: %50 -80.
• 9p'de saptanır.
• p16: Mezotelioma'da çoğunlukla bulunur.
• p27: sikline bağlı kinase inhibbitörü. %85 KHDAK'te düşük bulunur. Kötü prognozu ve ile ileri tümör Grade'ini işaret eder.
• Malign mezotelioma'da WT1 ekspresyonu kaybolur. Bu, wılms tumörleri dışında çok nadir görülür.
• Kromozom translokasyonları da nadir olmakla birlikte saptanabilir: t (11;22) (q24;q12) nöroendokrin diferansiyonda.

Tarama ve moleküler belirteçler:

• Erken akciğer kanserinin tedavisinde dahi ortalama 5 yıllık sağkalım %50 civarındadır.
• Mao ve ark: akciğer kanseri ortaya çıkmadan yıllar önce, balgamda p53 ve ras geni mutasyonları görülür.
• Qi chen (1996): kHAK'de, plasma Dna'sında mikrosatellıte ınstabılıty saptanır.
• pre-invazif lezyonlarda 3p kaybı saptanır.
• 9p ve 17p kaybı: preneoplastik lezyonlarda saptanır. (kıshımoto ve ark. 1995)

DNA Uyumsuzluğu Tamir Genleri

• KHDAK'DE SIK OLARAK GÖRÜLÜR.
• BİRDEN FAZLA PRİMER KANSERİN HABERCİSİ OLABİLİRLER.
• AİLESEL KANSER SENDROM'LARINDA SAPTANIRLAR.
• BULUNMASI KÖTÜ PROGNOZ VE BİRDEN FAZLA KÖTÜ PROGNOSTİK ONKOGEN AKTİVASYONUNU İŞARET EDER.

Klonalite